Одна из основных задач «Южно - Уральского» заповедника– сохранение природных комплексов. Именно поэтому на территории заповедника установлен режим особой охраны, запрещающий любую деятельность, противоречащую задачам заповедника. Обеспечение режима особой охраны территории заповедника возложено на службу охраны - государственную инспекцию по охране территории заповедника.

Основными функциями государственной инспекции является охрана территории заповедника от нарушителей заповедного режима; охрана заповедных лесов от пожаров; контроль состояния природной среды. Государственная инспекция при задержании нарушителей заповедного режима составляет протоколы об административных правонарушениях, рассматривает административные дела, налагает штрафы и предъявляет иски за нанесенный ущерб природной среде.

В целях эффективности природоохранной деятельности территория Южно-Уральского заповедника разделена на 7 лесничеств: Ямаштинское , Бердагуловское, Лапыштинское, Машакское, Нурское, Юрюзанское, Тюльменское.

Кроме того, в штате отдела охраны имеется одна оперативная группа с численностью 5 человек. Оперативная инспекторская группа контролирует всю территорию заповедника, уделяя особое внимание проблемным участкам. Благодаря работе опергруппы выявляется основная масса нарушений.

Основными видами нарушений заповедного режима является незаконное нахождение. Нарушителями в основном являются туристы из различных регионов р. Башкортостан, которые без пропусков пытаются пройти по заповеднику.

В 2013году службой охраны Южно-Уральского государственного заповедника было составлено 230 протоколов о различных нарушениях установленного режима; в том числе: о самовольных прорубах -2, о незаконной охоте – 1, о незаконном рыболовстве – 8, о незаконном сборе дикоросов – 6, о незаконном установлении пчелопасек -1, о нарушениях правил пожарной безопасности в лесах -14.

Административная ответственность за нарушение установленного режима или иных правил охраны и использования окружающей природной среды и природных ресурсов на территориях заповедника устанавливается положениями ст. 8.39 КоАП РФ.