В Южно-Уральском государственном заповеднике леса покрывают 89% территории. Главными лесообразующими породами являются 4 вида хвойных и 10 видов лиственных деревьев, образующих коренные темнохвойные, широколиственно-темнохвойные, светлохвойные леса и производные березовые и осиновые леса. Хвойные массивы сосредоточены по всей территории заповедника и являются одним из климатообразующих факторов. Темнохвойные пихтово-еловые леса занимают 32% лесопокрытой площади заповедника. Леса в заповеднике выполняют защитную функцию и не предназначены для промышленных или иных заготовок.